Ulaganja Fonda vezana za projekte iz područja zaštite prirode usmjerena su na jačanje sektora zaštite prirode za apsorpciju sredstava iz EU fondova. Fond su/financira izradu projektne dokumentacije te osigurava nacionalnu komponentu za projekte sufinancirane sredstvima EU fondova, posebice za unapređenje sustava posjetiteljske infrastrukture u nacionalnim parkovima i parkovima prirode.
Fond doprinosi razvoju i implementaciji i drugih programa EU (primjerice LIFE program) u vidu sufinanciranja nacionalne komponente za projekte iz područja zaštite prirode za sve tipove korisnika (Ministarstvo zaštite okoliša i energetike, Hrvatska agencija za okoliš i prirodu , javne ustanove, znanstvene i stručne institucije, organizacije civilnog društva i dr.).
Fond potiče istraživanje i izradu stručnih podloga za potrebe izrade mjera očuvanja i definiranje aktivnosti za upravljanje Natura 2000 područjima proglašenih temeljem Direktive o staništima (POVS područja iz Uredbe o ekološkoj mreži, NN 124/13), istraživanja i izradu stručnih podloga za zonaciju Natura 2000 područja proglašenih Uredbom o ekološkoj mreži, (NN 124/13), te prikupljanje podataka o rasprostranjenosti populacija stranih invazivnih vrsta s prijedlozima mjera uklanjanja i suzbijanja ili provedbe konkretnih mjera uklanjanja i suzbijanja stranih invazivnih vrsta.